Filtreler
Araştırmacılar
Optimization of ELISA and immunoblot methods for the detection of igg antibodies against old world hantaviruses in wild rodents

Polat, Ceylan | Karataş, Ahmet | Sözen, Mustafa | Matur, Ferhat | Abacıoğlu, Hakan | Öktem, Mehmet Ali

Article | 2016 | Mikrobiyoloji Bülteni50 ( 2 ) , pp.245 - 255

Ankara bölgesindeki hepatit B virusu genotiplerinin DNA dizi analizi yöntemi ile belirlenmesi

Külah, Canan | Çırak, Yalınay Meltem

Other | 2010 | Mikrobiyoloji Bülteni44 ( 2 ) , pp.245 - 253

Hepatit B virusu (HBV) genotiplerinin dünya üzerindeki dağılımı coğrafi bölgelere göre farklılık göstermektedir. Ülkemizde yapılan çalışmalarda belirlenen HBV genotipi ise genotip D olup, homojen ve tek tip şeklinde yayılım saptanmaktadır. Bu çalışmanın amacı, Ankara’da Gazi Üniversitesi Hastanesine başvuran HBV enfeksiyonlu hastalarda HBV genotiplerinin belirlenmesidir. Çalışmaya, tümü HBsAg pozitif ve anti-HBs negatif olan 84 (52 erkek, 32 kadın) hasta örneği dahil edilmiştir. Hastaların %95.2’sinde anti-HBc, %47.6’sında HBeAg, %11.9’unda ise anti-HBe belirteçleri pozitif olup, HBV-DNA düzeyleri ortalama 5.7 x 107 ± 4.6 x 107 IU/m . . .l; ALT değerleri ortalama 131 ± 171 IU/ml ve AST değerleri ortalama 98 ± 170 IU/ml olarak saptanmıştır. Örneklerden HBV-DNA ekstraksiyonu, fenokloroform yöntemi ile yapılmış, HBV-DNA S gen bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile amplifiye edilmiştir. PCR ürünlerinin döngüsel dizi analizi reaksiyonu; dideoksi zincir sonlanması yöntemine dayalı olan ticari bir kit (Cy5/5.5 Dye Primer Cycle Sequencing Kit; Visible Genetics, Kanada) kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Elde edilen DNA dizileri floresans temelli otomatik bir DNA dizileme sisteminde (Long-Read Tower System, Visible Genetics, Kanada) okutulmuş ve analiz edilmiştir. Gen bankasından alınan yayınlanmış tüm genotiplerin S gen bölgesine ait DNA dizileriyle, hasta örneklerinden elde edilen DNA dizilerinin karşılaştırılarak değerlendirilmesi sonucunda, 84 örneğin tümünün (%100) HBV D genotipi ve ayw alttipi ile ilişkili olduğu görülmüştür. PHYLIP filogenetik analiz paket programı kullanılarak yapılan analiz sonucunda oluşturulan filogenetik ağaçlarda, çalışılan örneklerin D genotipine ait grupta kümelendiği izlenmiştir. Sonuç olarak, ülkemizdeki HBV suşlarının moleküler epidemiyolojisi ve ülkemizin içinde bulunduğu coğrafi konum ile uyumlu olarak, hastanemize başvuran hasta grubunda da başlıca genotipin D olduğu saptanmış ve HBV genotip tayininin, klinik yaklaşımların daha bilinçli olmasına olanak sağlayacağı düşünülmüştür. Hepatitis B virus (HBV) genotypes vary depending on the geographical region. The HBV genotype determined in Turkey has been genotype D which is found as the homogenously disseminated single genotype. The aim of this study was to determine HBV genotypes in a group of HBV infected patients who were admitted to a university hospital in Ankara, Turkey. Serum samples from HBsAg positive and anti-HBs negative 84 (52 male, 32 female) patients with HBV infection were included into the study. Anti-HBc was positive in 95.2%, HBeAg was positive in 47.6% and anti-HBe was positive in 11.9% of the patients. Mean HBV-DNA levels of the patients were 5.7 x 107 ± 4.6 x 107 IU/ml; mean ALT levels were 131 ± 171 IU/ml and mean AST levels were 98 ± 170 IU/ml. HBV-DNA was extracted from serum by the phenol-chloroform method and PCR was performed to amplify the S gene region of HBV-DNA. Cycle sequencing of PCR products was performed by a commercial “Cy5/Cy5.5 Dye Primer Cycle Sequencing Kit” (Visible Genetics, Canada) based on dideoxy chain termination method. The sequences were read and analyzed in an automated fluorescence-based DNA-sequencing system (Long-Read Tower System, Visible Genetics, Canada). The nucleotide sequences of the patient samples were compared with the previously reported sequences in gene bank for each genotype. According to the comparative analysis of S-sequences of all patient samples with the published sequences of the genotypes in gene bank, all of the 84 hepatitis B strains (100%) were shown to be related to D genotypic group, subtype ayw. A phylogenetic analysis was performed and phylogenetic trees were constructed using programs in the PHYLIP phylogeny inference package. The patient samples clustered within the genotypic group D. According to these results, the main HBV genotype in our patients was genotype D in accordance with the previous molecular epidemiologic information on HBV in this geographic area. HBV genotype determination may help to establish more rational clinical approach in the evaluation of HBV infected patients Daha fazlası Daha az

Zonguldak’ta erişkin viseral leyşmaniyaz olgusu

Öztoprak, Nefise | Aydemir, Hande | Pişkin, Nihal | Keskin, Seremet Ayşegül | Araslı, Mehmet | Gökmen, Ayla | Çelebi, Güven

Article | 2010 | Mikrobiyoloji Bülteni44 ( 4 ) , pp.671 - 677

Viseral leyşmaniyaz (Visceral leishmaniasis, VL), Leishmania protozoonunun neden olduğu, tüm dünyada ve Akdeniz bölgesindeki pek çok ülkede yaygın görülen kronik bir hastalıktır. Vektör olan tatarcık sineği (Phlebotomus) ile bulaşan enfeksiyonun inkübasyon süresi uzun olup başlangıcı sinsidir. Daha ziyade çocuk yaş grubunda görülen VL, tedavi edilmediği takdirde ölümcül seyretmektedir. Bu raporda, Zonguldak’ta saptanan ilk erişkin VL olgusu olan 31 yaşında bir erkek hasta sunulmaktadır. Hastanemize iki aydır devam eden yüksek ateş, üşüme/titreme, terleme ve kilo kaybı şikayetleri ile başvuran hastanın hikayesinde, son 6 ayda il dışı . . .na seyahat öyküsü, sinek/böcek ısırma öyküsü yoktur. Ancak kömür madenlerinde çalıştığı öğrenilen hastadan, çalıştığı madenlerin içinde ve çevresinde tatarcıkların olduğu ve bunlar tarafından sokulmuş olabileceği bilgisi alınmıştır. Hastanın fizik muayenesinde, ateşi 39.2°C olup hepatosplenomegalisi mevcuttur. Laboratuvar incelemelerinde anemi, lökopeni, hipoalbuminemi ve hipergamaglobulinemi varlığı tespit edilmiş; eritrosit sedimentasyon hızı 62 mm/saat, C-reaktif protein düzeyi 113 mg/L, karaciğer enzimleri (alanin aminotransferaz, aspartat aminotransferaz) ise normalden 2-5 kat yüksek olarak belirlenmiştir. Ultrasonografi ve bilgisayarlı tomografide hepatosplenomegali dışında patolojik bir bulgu saptanmamıştır. Hasta, ayırıcı tanı amacıyla benzer semptomlar veren enfeksiyonlar, kanser ve kollajen doku hastalıkları açısından irdelenmiş ve herhangi bir sonuç alınamamıştır. Kemik iliği aspirasyonunda hiperselüler kemik iliği tespit edilmiş ve VL ön tanısı ile hastanın kemik iliği yaymaları, NNN besiyerine ekilmiş kemik iliği örnekleri ve serumu, Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi Başkanlığı (RSHMB) Parazitoloji Laboratuvarına gönderilmiştir. Hastaya VL tanısı; “in-house” IFAT testi ile Leishmania IgG titresinin 1/512 bulunması, rK39 Dipstick (InBios, ABD) testinin pozitif olması ve kemik iliği yaymalarında amastigot formunda Leishmania parazitlerinin görülmesi üzerine konulmuş; ayrıca, kemik iliği örneklerinin ekildiği NNN besiyerinde 7. günde parazitin hareketli promastigot formları belirlenmiştir. Hastaya, ilk olarak 5-değerli antimon bileşiği [glucantime 1 x 10 mg/kg/gün intramusküler (IM)] başlanmış, ancak yan etkiler nedeniyle tedavi aynı gün lipozomal amfoterisin B’ye (3 mg/kg/gün) değiştirilmiştir. Bu tedavi ile hasta sekel kalmaksızın iyileşmiştir. Sonuç olarak, uzun süreli ateş, hepatosplenomegali ve pansitopenisi olan erişkin yaştaki hastalarda ayırıcı tanıda VL akılda tutulmalıdır. Visceral leishmaniasis (VL) which is a chronic disease caused by the protozoon, Leishmania, occurs widely worldwide and it is widespread in most of the countries in the Mediterranean basin. The infection which is transmitted by a sandfly (Phlebotomus) vector, has a prolonged incubation period and insidious onset. VL generally affects children and may be fatal if not treated. In this report, a 31 years old male patient, who was the first adult VL case from Zonguldak (a province located at western Black-Sea region of Turkey) was presented. He was admitted to the hospital with two-months history of fever, chills, sweating and weight loss. There was no history of travel outside the city nor insect bites, however, he indicated that there would be unnoticed sandfly bites since sandflies were very common in the coal mines he worked. His physical examination revealed body temperatue of 39.2°C and hepatosplenomegaly, while laboratory findings yielded anemia, leucopenia, hypoalbuminemia and hypergamaglobulinemia. Erythrocyte sedimentation rate was 62 mm/h, C-reactive protein was 113 mg/L and liver transaminases were 2 to 5 folds higher than the reference values. The only pathological finding was hepatosplenomegaly in the abdominal ultrasound and computerized tomography. He was further examined to rule out infections with similar signs and symptoms, connective tissue diseases and malignanci- es and all were found negative. Hypercellular bone marrow were detected in the aspiration material. Bone marrow smears, bone marrow samples inoculated in NNN medium and serum samples of the patient were sent to the reference parasitology laboratory of Refik Saydam National Public Health Agency for evaluation in terms of VL. The diagnosis was confirmed by the detection of Leishmania IgG titer as 1/512 with in-house indirect immunofluorescence antibody test, by positivite rK39 Dipstick (InBios, USA) test and by the observation of Leishmania amastigote forms in the bone marrow smears. Bone marrow culture in NNN medium also revealed positive result by the determination of Leishmania promastigote forms on the 7th day. The treatment was initiated by pentavalent antimony [glucantime 1 x 10 mg/kg/day intramuscular (IM)] however, due to severe adverse effects it has switched to liposomal amphotericin B (3 mg/kg/day). The patient completely recovered without complication. In conclusion VL should be considered in the differential diagnosis of patients, even adults, with persistent fever, hepatosplenomegaly and pancytopenia, in endemic countries such as Turkey Daha fazlası Daha az

Denizli’de hemodiyaliz hastalarında ve kan donörlerinde hepatit G virus prevalansının araştırılması

Hancı, Sevgi | Cevahir, Nural | Kaleli, İlknur | Hancı, Volkan

Article | 2008 | Mikrobiyoloji Bülteni42 ( 4 ) , pp.617 - 625

Bu çalışmanın amacı, hemodiyaliz hastalan ile kan donörlerinde hepatit C virus (GBV-C/HGV) pre-valansının araştırılmasıdır. Şubat-Aralık 2006 tarihleri arasında Denizli'de gerçekleştirilen çalışmaya, hemodiyaliz uygulanan 100 hasta (yaş ortalaması: 56.8 ± 13.3 yıl; 46'sı kadın) ile gönüllü 100 kan donö-rü (yaş ortalaması: 31.3 ± 8.1 yıl; 8'i kadın) dahil edilmiş; GBV-C/HGV RNA varlığı ters transkriptaz PCR yöntemi ile GBV-C/HGV anti-E2 antikor varlığı ise ticari enzim immün yöntemi (Diagnostic Automation, INC®) ile araştırılmıştır. Hemodiyaliz hastalarının 14 (%14)'ünde ve kan donörlerinin 2 (%2)'sinde GBV-C/HGV RNA pozitif olarak s . . .aptanmış; gruplar arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p< 0.05). GBV-C/HGV anti-E2 antikor varlığı ise hemodiyaliz hastalarının 1 (%1)'inde ve kan donörlerinin 3 (%3)'ünde tespit edilmiştir. Antikor varlığı saptanan bir hastada aynı zamanda viral RNA pozitifliği de mevcuttur. Gruplar arasında antikor pozitiflik oranları açısından anlamlı bir fark bulunmamıştır. GBV-C/HGV prevalansı hemodiyaliz hastalarında %14, kan donörlerinde %5 olarak belirlenmiş ve bu oran hemodiyaliz hastalarında, kan donörlerine göre anlamlı olarak yüksek saptanmıştır (p< 0.05). GBV-C/HGV pozitif ve negatif hemodiyaliz hastaları arasında, hemodiyaliz süresi, serum alanin aminotrans-feraz (ALT) düzeyleri, yaş ve cinsiyet açısından anlamlı farklılık tespit edilmemiştir. Sonuç olarak; kan do-nörleri ile karşılaştırıldığında, parenteral bulaş açısından riskli bir grup olması nedeniyle, hemodiyaliz hastalarında GBV-C/HGV viremi oranı ve prevalansı anlamlı olarak yüksektir. Ancak hemodiyaliz ünitelerinde hijyen şartlarına uyumun artışı, gereksiz kan transfüzyonlarından kaçınılması, eritropoetin kullanımı artışı gibi yöntemlerle bölgemizde de GBV-C/HGV prevalansı ve GBV-C/HGV ile hepatit C virus birlikteliği düşmektedir. This study focuses on the prevalence of hepatitis G virus (GBV-C/HGV) in hemodialysis patients and blood donors in Denizli (located at Aegean region of Turkey). A total of 100 patients (mean age: 56.8 +/- 13.3 years; 46 female) receiving hemodialysis and 100 blood donors (mean age: 31.3 +/- 8.1 years; 8 female) were included in the study. The presence of GBV-C/HGV RNA was determined in all patients by reverse transcriptase-PCR and the presence of GBV-C/HGV anti-E2 antibodies was determined by a commercial enzyme immunoassay (Diagnostic Automation, INC). Viral RNA positivity was determined in 14 (14%) of the hemodialysis patients and 2 (2%) of the blood donors, the difference being statistically significant (p < 0.05). GBV-C/HGV anti-E2 antibodies were detected in 1 (1%) of the hemodialysis patients and 3 (3%) of the blood donors. Anti-E2 positive patient also revealed positive result for viral RNA. There was no statistically significant difference between the two groups in terms of anti-E2 positivity. The prevalence of GBV-C/HGV was 14% in hemodialysis patients and 5% in blood donors (p < 0.05). There was no significant difference in terms of duration of hemodialysis, serum ALT levels, age or gender between GBV-C/HGV positive and negative hemodialysis patients. In conclusion, since hemodialysis patients are at an increased risk of parenteral transmission, they have significantly higher GBV-C/HGV viremia rates and prevalence when compared to blood donors. However, the prevalence of GBV-C/HGV and coexistence between GBV-C/HGV and hepatitis C virus have been decreasing in our region owing to increased hygienic precautions in hemodialysis units, avoidance of unnecessary blood transfusions and more widespread use of erythropoietin Daha fazlası Daha az

Kronik hepatit B ve C hastalarında IL-1 Beta, IL-1 reseptör antagonisti ve IL-8 gen polimorfizmlerinin araştırılması

Börekçi, Gülay | Karakaş, Sevim Çelik | Kandemir, Özlem | Aras, Nurcan | Yalın, Serap

Article | 2014 | Mikrobiyoloji Bülteni48 ( 2 ) , pp.271 - 282

Hepatit B ve C virusu (sırasıyla; HBV ve HCV) enfeksiyonlarında hastalığın prognozu ve viral persistans konağın immün yanıtı ile yakından ilişkilidir. Sitokinler ve genetik faktörler, kronik HBV ve HCV enfeksiyonlarının patogenezinde önemli rol oynarlar; ancak altta yatan moleküler mekanizmalar tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışma, kronik hepatit B ve C hastalığı ile interlökin (IL)-1?, IL-1 reseptör antagonisti (IL-1RA) ve IL-8 gen polimorfizmleri arasındaki ilişkinin belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Çalışmaya, kronik hepatit B’li 171 hasta (62 kadın, 109 erkek; yaş aralığı: 18-74 yıl), kronik hepatit C’li 104 hasta (63 kadın, . . . 41 erkek; yaş aralığı: 25-79 yıl) ve kontrol olarak 86 sağlıklı kişi (41 kadın, 45 erkek; yaş aralığı: 18-72 yıl) olmak üzere toplam 361 olgu dahil edilmiştir. Olguların periferal kan lökositlerinden DNA ekstraksiyonu sonrası, IL-1? -31, -511, +3954; IL-1RA ve IL-8 -251, -353, -738, -845 gen bölgelerine özgül primerler kullanılarak tek nükleotid polimorfizmleri gerçek zamanlı PCR yöntemi ile araştırılmıştır. Kronik hepatit B’li hastalarda IL-8 -251 AT (OR: 7.895, p= 0.003) ve IL-8 -738 TA (OR: 6.317, p= 0.007) genotip sıklığı; kronik hepatit C’li hastalarda ise IL-1? -31 CT (OR: 6.757, p= 0.001), IL-1? -511 CT (OR: 4.060, p= 0.004), IL-8 -251 AT (OR: 13.622, p= 0.001), IL-8 -738 TA (OR: 14.058, p= 0.001) ve IL-8 -845 TC (OR: 2.539, p= 0.004) genotip sıklığı kontrol grubuna göre anlamlı düzeyde yüksek bulunmuştur. Kronik hepatit B’li hastalardaki allel sıklığı kontrol grubu ile kıyaslandığında; IL-1? +3954 T allelinin hastalık riskini 1.5 kat artırdığı belirlenmiş (p< 0.05); diğer alleller arasında anlamlı bir farklılık bulunmamıştır (p> 0.05). Kronik hepatit C’de ise IL-8 -845 C allelinin hastalık riskini 0.6 kat artırdığı (p< 0.05), ancak diğer alleller arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık olmadığı saptanmıştır (p> 0.05). Sonuç olarak IL-1? -31, -511 promotor gen bölgesindeki polimorfizmler ve IL-8 -251, -738, -845 gen polimorfizmleri HBV ve HCV enfeksiyonlarının kronikleşmesinde etkili olabilir. Bu sitokin polimorfizmlerinin, kronik hepatit B ve C enfeksiyonlarındaki öneminin belirlenebilmesi için, taşıyıcı, kronik hepatit, siroz ve hepatoselüler karsinoma gibi farklı hasta gruplarını içeren daha büyük ölçekli çalışmalar, moleküler mekanizmaların aydınlatılmasına katkı sağlayabilir. The host immune response is closely related to the prognosis of disease and viral persistence in hepatitis B (HBV) and hepatitis C virus (HCV) infections. Althought it is well known that cytokines and genetic factors play important roles in the pathogenesis of chronic HBV and HCV infections, the underlying mechanisms are not fully understood. This study was conducted to determine the role of interleukin (IL)-1&#946;, IL-1 receptor antagonist (IL-1RA) and IL-8 gene polymorphisms in chronic hepatitis B and C infec- tions. A total of 361 subjects, 171 with chronic hepatitis B (62 female, 109 male; age range: 18-74 yrs) and 104 with chronic hepatitis C (63 female, 41 male; age range: 25-79 yrs), and a control group of 86 healthy subjects (41 female, 45 male; age range: 18-72 yrs) were included in the study. Following the DNA extractions from peripheral blood leukocytes of the study groups, single nucleotide polymor- phisms of IL-1&#946; -31, -511, +3954; IL-1RA and IL-8 -251, -353, -738, -845 gene regions were investigated by using specific primers with real-time PCR method. It was found that the genotype frequency of IL-8 -251 AT (OR: 7.895, p= 0.003) and IL-8 -738 TA (OR: 6.317, p= 0.007) in patients with chronic hepatitis B and the genotype frequency of IL-1&#946; -31 CT (OR: 6.757, p= 0.001), IL-1&#946; -511 CT (OR: 4.060, p= 0.004), IL-8 -251 AT, (OR: 13.622, p= 0.001), IL-8 -738 TA (OR: 14.058, p= 0.001), and IL-8 -845 TC (OR: 2.539, p= 0.004) in patients with chronic hepatitis C was significantly higher than the control group. When the allelic frequency was compared between chronic hepatitis B patients and the control group, it was determined that IL-1&#946; +3954 T allel increased the disease risk 1.5 times (p< 0.05), however, no statistically significant difference was detected for the other allels. It was also determined that IL-8 -845 C allel increased the disease risk 0.6 times in chronic hepatitis C (p< 0.05) and no statistically significant difference was detected for the other allels (p> 0.05). In conclusion, IL-1&#946; -31, -511 and IL-8 -251, -738, -845 gene polymorphisms may play a role in the chronicity of hepatitis B and C infection. In order to determine the importance of this cytokine polymorphisms in hepatitis B and hepatitis C virus infections, large-scale studies with different patient groups such as carriers, chronic hepatitis, cirrhosis, and hepatocellular carcinoma should be conducted to elucidate the molecular mechanisms underlying the disease process Daha fazlası Daha az

Çift etkenli Nozokomiyal menenjit ve intraventriküller gentamisin tedavisi

Öztoprak, Nefise | Çelebi, Güven | Baruönü, Fatma | Kalaycı, Murat

Article | 2008 | Mikrobiyoloji Bülteni42 ( 3 ) , pp.497 - 501

Nozokomiyal santral sinir sistemi enfeksiyonları, tüm nozokomiyal enfeksiyonların %0.4'ünden sorumludur. Nozokomiyal menenjit etkenleri toplum kökenli menenjit etkenlerinden farklı olup, morbidite ve mortalite oranları oldukça yüksektir. Prognozu etkileyen en önemli faktör ise etkene yönelik doğru antibakteriyel tedavi seçimidir. Bu raporda, lomber disk hernisi operasyonu sonrasında, Klebsiella pneumoniae ve Acinetobacter spp.'nin birlikte etken olduğu nozokomiyal menenjit gelişen 64 yaşında bir kadın hasta sunulmaktadır. Olgunun üç kez nöroşirürjik operasyon geçirmesi ve uzun süreli (29 gün) eksternal ventriküler drenaj (EVD) katet . . .eri olması, risk faktörleri olarak değerlendirilmiştir. Olguya, postoperatif beşinci günde klinik ve laboratuvar bulgularına dayanılarak nozokomiyal menenjit tanısı konulmuş ve ampirik olarak meropenem (3 x 2 g, IV) ve vankomisin (2 x 1 g, IV) tedavisi verilmiştir. Aynı gün alınan beyin omurilik sıvısı (BOS) ve kan kültürlerinde, genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten K. pneumoniae (amikasin, imipenem, meropenem, sefoksitin, siprofloksasin, piperasilin-tazobaktam ve trimetoprim/sülfametoksazole duyarlı) üremiştir. Meropenem tedavisinin sekizinci gününde hastanın kliniğinde bir değişiklik olmamış; BOS incelemesinde yüksek lökosit (1300/mm3) ve gram-negatif basil varlığı saptanmış, BOS kültüründe de GSBL pozitif K. pneumoniae (antibiyotik duyarlılığı bir önceki suş ile aynı) üremesi devam etmiştir. Buruın üzerine tedaviye siprofloksasin (3 x 400 mg, IV) eklenmiş ve EVD kateteri değiştirilmiştir. Meropenem tedavisinin on üçüncü, siprofloksasin tedavisinin beşinci gününde, BOS ve kan kültüründe GSBL pozitif K. pneumoniae (antibiyotik duyarlılığı bir önceki suş ile aynı) ve Acinetobacter spp. (gentamisin, tobramisin, netilmisin, siprofloksasin, levofloksasin ve sefepime duyarlı) üremesi nedeniyle tedaviye intraventriküler gentamisin (15 mg/gün) ve IV gentamisin (3 x 120 mg) eklenmiştir. Olgu üç haftalık intraventriküler antibiyotik tedavisi sonunda primer hastalığının sekelleri dışında yeni bir sekel gelişmeksizin iyileşmiştir. Bu olgu, GSBL pozitif K. pneumoniae ve Acinetobacter spp.'nin birlikte etken olduğu, yerli ve yabancı literatür taramalarında ulaşabildiğimiz kadarıyla ilk nozokomiyal menenjit olgusu olması nedeniyle sunulmuştur. Nosocomial central nervous system infections constitute 0.4% of all nosocomial infections. The responsible pathogens of nosocomial meningitis are quite different from community-acquired meningitis with high rates of morbidity and mortality. The most important prognostic factor is the appropriate choice of pathogen-specific antibacterial therapy. In this report, a 64 years old woman with nosocomial meningitis caused by Klebsiella pneumoniae and Acinetobacter spp. after lumbar disc hernia operation, has been presented. The risk factors were detected as recent history of neurosurgical operation for three times and long term (29 days) use of external ventricular drainaige (EVD) catheter. Empirical meropenem (3 x 2 g, IV) and vancomycin (2x1 g, IV) therapy was initiated upon the diagnosis of nosocomial meningitis based on the clinical and laboratory findings on the postoperative fifth day. Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing K. pneumoniae (susceptible to amikacin, imipenem, meropenem, cefoxitine, ciprofloxacin, piperasillin-tazobactam and trimethoprim/sulfamethoxazole) was recovered from cerebrospinal fluid (CSF) and blood samples obtained on the same day. There was no change in the status of the patient on the eighth day of meropenem therapy, with high leukocyte number (1300/mm3) and presence of gram-negative bacilli in CSF, and ESBL positive K. pneumoniae (antibiotic susceptibility pattern same with the previous isolate) growth in CSF culture. Thereupon intravenous ciprofloxacin (3 x 400 mg) was added to the therapy and her EVD has been changed. However, ESBL positive K. pneumoniae (antibiotic susceptibility pattern same with the previous isolate) together with Acinetobacter spp. (susceptible to gentamycin, tobramycin, netilmicin, ciprofloxacin, levofloxacin and cefepime) were isolated from CSF and blood cultures obtained on the 13th day of meropenem and fifth day of ciprofloxacin therapy. Therefore intraventricular and intravenous gentamicin (15 mg/days and 3 x 120 mg, respectively) were added to the therapy. The patient recovered at the end of three weeks treatment without any additional sequela other than her primary illness. This case was the first case of nosocomial meningitis due to ESBL positive K. pneumoniae together with Acinetobacter spp. in the available literature Daha fazlası Daha az

Damar içi kateter ile ilişkili enfeksiyon etkenleri ve antibiyotik duyarlılıkları

Aktaş, Elif | Sarı, Emre Nur | Keskin, Seremet Ayşegül | Pişkin, Nihal | Külah, Canan | Cömert, Füsun

Other | 2011 | Mikrobiyoloji Bülteni45 ( 1 ) , pp.86 - 92

Damar içi kateter kullanımı, kolonizasyonun yanı sıra kateter giriş yeri enfeksiyonundan bakteriyemiye kadar değişen spektrumda enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Bu çalışmada, Zonguldak Karaelmas Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesinde damar içi kateter kaynaklı kan dolaşımı ve kateter giriş yeri enfeksiyonu etkenleri ile kolonizasyona neden olan mikroorganizmaların saptanması ve enfeksiyon etkenlerinin antibiyotik duyarlılık durumlarının belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, Eylül 2007-Eylül 2009 tarihleri arasında hastanemizin çeşitli servislerinde yatan 201 hastadan alınan kateter ucu ile kateterden alınan kan ve kateter ile . . .eş zamanlı periferik venden alınan kan örnekleri dahil edilmiş ve kültür sonuçları retrospektif olarak değerlendirilmiştir. Kateter örneklerinin ekimleri semikantitatif ve kantitatif kültür tekniklerine uygun olarak yapılmış; kateterden alınan kan ile periferik venöz kandan alınan kan kültürleri için BACTEC 9120 (Becton Dickinson, ABD) sistemi kullanılmıştır. Antibiyotik duyarlılık testleri “Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)” kriterlerine göre disk difüzyon yöntemi kullanılarak yapılmıştır. Hastaların %13.9 (28/201)’unda kateter ile ilişkili kan dolaşımı enfeksiyonu (KİKDE), %6.4 (13/201)’ünde kateter giriş yeri enfeksiyonu ve %27.3 (55/201)’ünde kolonizasyon saptanmıştır. KİKDE tanısı alan olgular değerlendirildiğinde, beşi karbapeneme dirençli olmak üzere 11 olguda Acinetobacter spp., sekiz olguda metisiline dirençli koagülaz-negatif stafilokok (MRKNS), iki olguda metisiline duyarlı KNS (MSKNS), iki olguda Klebsiella pneumoniae ve birer olguda olmak üzere metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA), karbapeneme dirençli Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus spp., Escherichia coli ve MRKNS + Enterococcus faecium izole edilmiştir. Kateter giriş yeri enfeksiyonu saptanan 13 hastanın beşinde MSKNS, ikisinde metisiline duyarlı S.aureus (MSSA), ikisinde E.coli ve birer olguda olmak üzere MRKNS, K.pneumoniae, Enterococcus spp. ve K.pneumoniae + P.aeruginosa izole edilmiştir. KİKDE ve kateter giriş yeri enfeksiyonu etkeni olan stafilokok izolatları arasında vankomisine ve teikoplanine dirençli suş saptanmamıştır. Elli beş kateterde kolonizasyon tespit edilmiş ve mikroorganizmaların dağılımı; MSKNS (n= 18), MRKNS (n= 18), K.pneumoniae (n= 5), Acinetobacter spp. (n= 4), E.coli (n= 3), MSSA (n= 2) ve birer adet olmak üzere MRSA, Proteus mirabilis, P.aeruginosa, Corynebacterium spp. ve Candida albicans olarak bulunmuştur. Çalışmamızda KİKDE olarak değerlendirilen olgularda en sık Acinetobacter spp. suşları saptanırken koagülaz- negatif stafilokoklar ikinci sırayı almıştır. Bu durumun, 2006 yılında gerçekleşen salgın sonrası bu izolatların hastanemizde yaygın olarak görülmesinden kaynaklandığı düşünülmüştür. Sonuç olarak, kateter kaynaklı enfeksiyonlar için her hastanenin kendi etken dağılımlarını ve antibiyotik duyarlılık profillerini düzenli olarak değerlendirmesinin, ampirik tedavinin planlanmasında büyük önem taşıdığı bir kez daha vurgulanmıştır. Intravenous catheterization can lead to colonization as well as a broad spectrum of infections ranging from catheter site infections to catheter-related blood stream infections (CRBSIs). The aim of this study was to evaluate the distribution of causative agents and their antibiotic susceptibility patterns in CRBSIs and catheter site infections along with the colonization rates and colonizing microorganisms in Zonguldak Karaelmas University Hospital, Turkey. The results of cultures from catheter tips and/or intracatheter blood cultures and simultaneously taken peripheral blood cultures were sent to medical microbiology laboratory and were retrospectively investigated for 201 patients hospitalized between September 2007 and September 2009. The catheter tips were cultured by semi-quantitative and quantitative culture methods. Blood cultures from the catheters and peripheral veins were performed in BACTEC 9120 (Becton Dickinson, USA) blood culture systems. The antibiotic susceptibility tests were done by Kirby-Bauer disk diffusion method according to the guidelines of the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). Out of 201 patients included, 28 (13.9%) had CRBSIs and 13 (6.4%) had catheter site infections while colonization was defined for 55 (27.3%) patients. Of 28 patients with CRBSIs, Acinetobacter spp. were isolated from 11 including five carbapenem-resistant strains, methicillin-resistant coagulase- negative staphylococci (MRCNS) from eight, methicillin-susceptible coagulase-negative staphylococci (MSCNS) from two, Klebsiella pneumoniae from two patients and one of each patient&#8217;s cultures yielded methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus spp., Escherichia coli and MRCNS + Enterococcus faecium. Of 13 patients with catheter site infections, five MSCNS, two methicillin-susceptible S.aureus (MSSA), two E.coli, and one of each K.pneumoniae, MRCNS, Enterococcus spp., K.pneumoniae + P.aeruginosa were isolated. No resistance to vancomycin and teicoplanin were detected among the staphylococci isolated from CRBSIs and catheter site infections. The distribution of the 55 colonizing microorganisms were as follows; 18 MSCNS, 18 MRCNS, four Acinetobacter spp., five K.pneumoniae, three E.coli, two MSSA, and one of each MRSA, P.mirabilis, P.aeruginosa, Corynebacterium spp., Candida albicans. In this study, the predominant microorganism isolated from CRBSIs was Acinetobacter spp., followed by coagulase-negative staphylococci. This unexpected distribution of the agents was related to the Acinetobacter spp. that have gained endemic potential following an Acinetobacter outbreak in our hospital in 2006. We emphasize that it is critical for any individual hospital to assess periodically the distribution and susceptibility profiles of isolates obtained from catheter-related infections to set out rational empirical treatment strategies Daha fazlası Daha az

Karadeniz Bölgesi hepatit C virus genotip belirlenmesine katkı: Yüksek hasta kapasiteli tek merkez verileri, Zonguldak

Akar, Tarık | Aynioğlu, Aynur | Dindar, Gökhan | Babür, Taner

Letter | 2014 | Mikrobiyoloji Bülteni48 ( 3 ) , pp.518 - 520

We&#8217;ve read with great interest the article entitled &#8220;Determination of hepatitis C virus genotypes among hepatitis C patients in Eastern Black Sea Region, Turkey&#8221; by Buruk et al. published in Mikrobiyol Bul 2013; 47(4): 650-7. In that study, the authors described the determination and distribution of hepatitis C virus (HCV) genotypes in Eastern Black Sea Region comprehensively. According to the current information, the determination of HCV genotypes is the most important factor for the management of therapy and virus-related complications, such as chirrhosis and hepatocellular carcinoma. The distribution . . . of HCV genotypes varies geographically throughout the world. Therefore every country and even each region within the country should know the distribution of HCV genotypes to determine the appropriate treatment strategy. Herein we would like to contribute the data about distribution of HCV genotypes in whole Black Sea Region by presenting our current results obtained from Zonguldak province, where maximum number of chronic hepatit C patients have already been identified in Eastern Black Sea Region. A total of 53 chronic hepatitis C patients (26 female, 27 male; mean age: 57.1 ± 14.3, age range: 21-82 years) who were admitted to Zonguldak Ataturk State Hospital between January 2012-December 2013 were evaluated. Genotype analysis was performed by RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular, ABD) system. Genotype-1 was found to be the most frequently detected type with a rate of 96.2% (51/53). The prevalences of genotype-2 (1/53) and genotype-4 (1/53) were same, with a rate of 1.9%, in our study. Subtyping of genotype-1 strains yielded 52.9% (27/51) genotype-1b, 3.9% genotype-1a (2/51) and 47% untypeable genotype-1 (24/51). The present study was the second study from the Western Black Sea Region in our country, regarding HCV genotypes. In conclusion, considering entire Black Sea Region, genotype-1 is the most common genotype (96.2%), and 1b (52.9%) is the most common subtype, in parallel to the data reported from the other regions of Turkey. We&#8217;ve read with great interest the article entitled &#8220;Determination of hepatitis C virus genotypes among hepatitis C patients in Eastern Black Sea Region, Turkey&#8221; by Buruk et al. published in Mikrobiyol Bul 2013; 47(4): 650-7. In that study, the authors described the determination and distribution of hepatitis C virus (HCV) genotypes in Eastern Black Sea Region comprehensively. According to the current information, the determination of HCV genotypes is the most important factor for the management of therapy and virus-related complications, such as chirrhosis and hepatocellular carcinoma. The distribution of HCV genotypes varies geographically throughout the world. Therefore every country and even each region within the country should know the distribution of HCV genotypes to determine the appropriate treatment strategy. Herein we would like to contribute the data about distribution of HCV genotypes in whole Black Sea Region by presenting our current results obtained from Zonguldak province, where maximum number of chronic hepatit C patients have already been identified in Eastern Black Sea Region. A total of 53 chronic hepatitis C patients (26 female, 27 male; mean age: 57.1 ± 14.3, age range: 21-82 years) who were admitted to Zonguldak Ataturk State Hospital between January 2012-December 2013 were evaluated. Genotype analysis was performed by RealTime HCV Genotype II (Abbott Molecular, ABD) system. Genotype-1 was found to be the most frequently detected type with a rate of 96.2% (51/53). The prevalences of genotype-2 (1/53) and genotype-4 (1/53) were same, with a rate of 1.9%, in our study. Subtyping of genotype-1 strains yielded 52.9% (27/51) genotype-1b, 3.9% genotype-1a (2/51) and 47% untypeable genotype-1 (24/51). The present study was the second study from the Western Black Sea Region in our country, regarding HCV genotypes. In conclusion, considering entire Black Sea Region, genotype-1 is the most common genotype (96.2%), and 1b (52.9%) is the most common subtype, in parallel to the data reported from the other regions of Turkey Daha fazlası Daha az

HIV negatif miliyer tüberküloz şüpheli bir hastada Cryptococcus neoformans meninjiti

Aydemir, Hande | Pişkin, Nihal | Öztoprak, Nefise | Çelebi, Güven | Tekin, İshak Özel | Akduman, Deniz

Article | 2008 | Mikrobiyoloji Bülteni42 ( 3 ) , pp.519 - 524

Cryptococcus neoformans tarafından oluşturulan kriptokokoz, solunum yollarının asemptomatik kolonizasyonundan herhangi bir organın tutulumuyla seyreden geniş bir klinik tabloya yol açabilir. Enfeksiyon, insan immünyetmezlik virusu (HIV) pozitif kişiler gibi immünsüpresif hastalar arasında daha yaygındır. Bu raporda HIV negatif olan, pulmoner infiltrasyonları miliyer tüberkülozu düşündüren kriptokok menenjitli bir olgu sunulmaktadır. Yetmiş yaşında erkek hasta bilinç bulanıklığı, üç haftadır devam eden baş ağrısı, kilo kaybı ve yorgunluk nedeniyle hastaneye başvurmuştur. Ense sertliği ve şuur bulanıklığı dışında fizik muayenesi doğal . . .dır. Beyin omurilik sıvısı (BOS) incelemesinde lökosit 120/mm3 (%80 polimorfo-nükleer lökosit) olarak saptanmış, BOS'un Gram boyalı incelemesinde zayıf boyanan gram-pozitif mayalar görülmüştür. Hastaya ampirik olarak lipozomal amfoterisin B, seftriakson ve ampisilin tedavisi başlanmıştır. BOS kültüründe C. neoformans üremesi saptanınca seftriakson ve ampisilin kesilmiş, hastanın bilinci tedavinin 24. saatinde açılmıştır. Periferik kan akım-sitometrik incelemesinde mutlak CD4+ T lenfositleri ve CD8+28+ T lenfositlerinde belirgin azalma, doğal öldürücü hücre oranlarında ise belirgin artış saptanmıştır. Serum immünglobulin ve kompleman seviyeleri normal bulunmuştur. Kraniyal manyetik rezonans görüntüleme ve bilgisayarlı abdomen tomografisi normal olup, akciğer tomografisinde her iki akciğerde çoklu milimetrik nodüler infiltrasyonlar ve her iki apekste fibrotik değişiklikler izlenmiştir. Tüberküloza yönelik mikrobiyolojik yöntemlerle olumlu bîr sonuç alınamamasına rağmen, uzun süreli öksürük yakınmasının olması, akciğer tomografisinde miliyer infiltrasyonların varlığı, tüberkülin testinin anerjik saptanması, çocukluk döneminde geçirilmiş pulmoner tüberküloz hikayesi nedeniyle hastaya ampirik olarak antitüberküloz tedavisi de başlanmıştır. İki hafta sonra amfoterisin B kesilerek flukonazol tedavisi sekiz hafta süreyle uygulanmıştır. Antitüberküloz tedavi dokuz aya tamamlanmıştır. Antitüberküloz tedavinin dördüncü ayında çekilen kontrol akciğer tomografisinde lezyonların tamamen düzeldiği görülmüştür. Bu sunumda, HIV negatif hastalarda da kriptokok enfeksiyonunun görülebileceği, kriptokok enfeksiyonu ile tüberküloz enfeksiyonunun hem bir arada olabileceği, hem de her iki enfeksiyonun akciğer tutulumunda radyolojik görünümün birbirine karışabileceğinin vurgulanması amaçlanmıştır. Cryptococcosis caused by Cryptococcus neoformans has a wide range of clinical presentations, varying from asymptomatic colonization of the respiratory airways to the dissemination of infection into different parts of body. It is more common among immunosupressed patients such as human immunodeficiency virus (HIV) positive ones. In this report we present a case with C. neoformans meningitis and miliary pulmonary infiltrates suggesting pulmonary tuberculosis without HIV infection. A-70-years-old male was admitted to the hospital with mental confusion, 3-weeks history of headache, weight loss, dry cough and fatigue. Physical examination was normal except neck stiffness. Cerebrospinal fluid (CSF) white cell count was 120/mm3 (80% polimorphonuclear cells). Gram staining of CSF revealed poorly stained gram-positive yeast cells. Empirical therapy with lipozomal amphotericin B, ceftriaxone and ampicillin combination was started. When C. neoformans growth was detected on CSF culture, ceftriaxone and ampicillin were discontinued. Patient became conscious at 24th hour of the treatment. Peripheric blood floW-cytometric analysis revealed a significant decrease in absolute CD4+ T lymphocytes, and in CD8+28+ T lymphocytes in addition a significant increase in natural killer cell ratio. Blood immunoglobulin and complement levels were found normal. Cranial magnetic resonance imaging and computerized tomography (CT) of the abdomen were normal, however, chest CT revealed multiple parenchymal millimetric nodular infiltrations on both sides and minimal fibrotic alterations. Acid-fast staining of CSF, tuberculosis culture, tuberculosis PCR results and repeated HIV serology were found negative. Despite the lack of microbiological confirmation, empirical antituberculosis treatment was also started with the suspicion of miliary tuberculosis as the patient had a symptom of long-term dry cough, miliary infiltrations on chest CT, anergic tuberculin skin test and a history of pulmonary tuberculosis in childhood. After two weeks, amphotericin B was changed to oral fluconazole which was continued for an additional eight weeks. Antituberculosis therapy was given for nine months. Control chest CT taken after four months of antituberculosis therapy revealed improvement of the lesions. This presentation emphasizes the fact that cryptococcal infections may develop in HIV negative patients, even together with tuberculosis in certain cases and radiological findings of the two infections may be confusing when both of them invade the lungs Daha fazlası Daha az

Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Pediatri Servisinde vankomisine dirençli enterokokların ilk izolasyonu ve çoğul klonların tespit

Güdücüoğlu, Hüseyin | Aktaş, Elif | Cömert, Beğendik Füsun | Aygül, Kumru | Özlü, Nagihan | Baykal, Sanem | Berktaş, Mustafa

Article | 2009 | Mikrobiyoloji Bülteni43 ( 4 ) , pp.535 - 543

Köpek kenesi ile temas sonrasında gelişen Akdeniz benekli ateşi

Öztoprak, Nefise | Çelebi, Güven | Aydemir, Hande | Pişkin, Nihal | Bektaş, Sibel | Koca, Rafet | Kuloğlu, Figen

Article | 2008 | Mikrobiyoloji Bülteni42 ( 4 ) , pp.701 - 706

Klinik örneklerden izole edilen MRSA suşlarında vankomisine karşı azalmış duyarlılığın araştırılması

Aktaş, Elif | Mengeloğlu, Fırat Zafer | Külah, Canan | Cömert, Beğendik Füsun

Other | 2010 | Mikrobiyoloji Bülteni44 ( 2 ) , pp.339 - 341

In this study, a total of 390 methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains isolated from clinical specimens between April 2004 and June 2008, in a university hospital in Zonguldak (located at Black Sea region), Turkey, were evaluated retrospectively for reduced susceptibility to vancomycin. Brain heart infusion (BHI) plates containing 4 and 6 µg/ml of vancomycin were used to screen for vancomycin intermediate S.aureus (VISA) strains. Additionally, vancomycin minimal inhibitory concentrations (MIC) of the isolates were determined by agar dilution method. No growth was observed on the screen plates after 24 and 48 . . .hours of incubation. None of the isolates revealed MIC values equal to or higher than 2 µg/ml; MIC90 and MIC50 values were 1 µg/ml. Although VISA isolates were not detected in this study, no data was obtained for heterogeneous VISA isolates since macro-E test or population analysis were not performed. It was concluded that systematic surveillance of MRSA isolates is of particular importance to investigate the presence of VISA/hVISA isolates which may lead to treatment failures and hospital epidemics. In this study, a total of 390 methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains isolated from clinical specimens between April 2004 and June 2008, in a university hospital in Zonguldak (located at Black Sea region), Turkey, were evaluated retrospectively for reduced susceptibility to vancomycin. Brain heart infusion (BHI) plates containing 4 and 6 µg/ml of vancomycin were used to screen for vancomycin intermediate S.aureus (VISA) strains. Additionally, vancomycin minimal inhibitory concentrations (MIC) of the isolates were determined by agar dilution method. No growth was observed on the screen plates after 24 and 48 hours of incubation. None of the isolates revealed MIC values equal to or higher than 2 µg/ml; MIC90 and MIC50 values were 1 µg/ml. Although VISA isolates were not detected in this study, no data was obtained for heterogeneous VISA isolates since macro-E test or population analysis were not performed. It was concluded that systematic surveillance of MRSA isolates is of particular importance to investigate the presence of VISA/hVISA isolates which may lead to treatment failures and hospital epidemics Daha fazlası Daha az


6698 sayılı Kişisel Verilerin Korunması Kanunu kapsamında yükümlülüklerimiz ve çerez politikamız hakkında bilgi sahibi olmak için alttaki bağlantıyı kullanabilirsiniz.


Bu site altında yer alan tüm kaynaklar Creative Commons Alıntı-GayriTicari-Türetilemez 4.0 Uluslararası Lisansı ile lisanslanmıştır.